Boubínský prales (920 – 1110 m) o rozloze 666,41 ha byl vyhlášen národní přírodní rezervací v roce 1858. Leží na jihovýchodním úpatí hory Boubín. Dnešní jádro Boubínského pralesa, tvořené zejména bukem, smrkem a jedlí, je nejzachovalejším zbytkem původních rozsáhlých šumavských smíšených horských lesů, tzv. pomezního hvozdu. Nejstarší smrky a jedle dosahují stáří 300 – 400 let.
Historie vzniku Boubínského pralesa je spjata se jménem vimperského lesníka Josefa Johna. Již v roce 1851 vytyčil v okolních pralesovitých porostech 8 zkusných ploch, pouze jedna z nich se nacházela na území dnešního jádra rezervace.